การบริหารจัดการทรัพยากรน้ำเป็น 1 ใน 8 หัวข้อหลัก ภายใต้ข้อริเริ่มกระบี่ของอาเซียน (ASEAN Krabi Initiative) สสนก. ดำเนินความร่วมมือด้านการจัดการน้ำ 1ใน 14 สาขาความร่วมมือ ภายใต้บันทึกความเข้าใจ ระหว่างกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ระหว่าง สปป.ลาว และ ราชอาณาจักรไทย
สถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำและการเกษตร (องค์การมหาชน) หรือ สสนก. ได้มีความร่วมมือกับกรมเทคโนโลยีและนวัตกรรม กระทรวงวิทยาศาสตร์ สปป. ลาว (Department of Technology and Innovation (DTI), Ministry of Science and Technology, Lao PDR) ใน 2 ด้าน ได้แก่
- การใช้วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีในการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ
- การบริหารจัดการน้ำชุมชนตามแนวพระราชดำริ