27 ธันวาคม 2551 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตรา พระราชกฤษฎีกาจัดตั้ง สถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำและการเกษตร (องค์การมหาชน) พ.ศ.2551
และในวันที่ 1 มกราคม 2552 พระราชกฤษฎีกา จัดตั้งสถาบันฯ มีผลใช้บังคับ
โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่ม 125 ตอน 138 ก เมื่อวันที่ 31 ธันวาคม 2551