ความร่วมมือระหว่าง สสนก. และ กลุ่มมิตรผล มีการลงนามความร่วมมือในปี พ.ศ. 2556 เมื่อ บริษัท มิตรผลวิจัย พัฒนาอ้อยและน้ำตาล จำกัดอ้อย (กลุ่มธุรกิจงานอ้อย) และ สถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำและการเกษตร (องค์การมหาชน) หรือ สสนก. ได้ร่วมลงนามข้อตกลงเรื่อง “งานวิจัยและการจัดการข้อมูลเกี่ยวกับการบริหารจัดการน้ำชุมชน” โดยมุ่งเน้นเกี่ยวกับการส่งเสริม สนับสนุนให้เกิดการถ่ายทอดและประยุกต์ใช้วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เพื่อให้เกิดข้อมูลและตัวอย่างความสำเร็จสำหรับพัฒนาคุณภาพและเพิ่มปริมาณผลผลิต รวมทั้งสนับสนุนให้เกิดเครือช่ายความร่วมมือระหว่างชุมชน หน่วยงานภาครัฐ และภาคเอกชน
การดำเนินความร่วมมือตลอดระยะเวลาที่ผ่านมา แบ่งออกเป็น 2 ด้าน ได้แก่ ด้านระบบ (กลุ่มงานอ้อย กลุ่มธุรกิจงานอ้อย) และ ด้านการบริหารจัดการน้ำชุมชน (สายงานองค์กรสัมพันธ์และบริหารองค์กรเพื่อความยั่งยืน)